特に、膵癌、胆管癌、胆嚢癌で80〜90％、胃癌、大腸癌で30〜50％の陽性率を示し、消化器系癌の腫瘍マーカーとして最も多く利用されています。ただし、早期癌での陽性率は低くスクリーニングには不適で、治療再発のモニターとして有用です。

一方、胆嚢ポリープや胆石では基準値内ですが、胆管炎を併発した場合や急性・慢性膵炎、胃炎、急性・慢性肝炎、肝硬変などの良性疾患でも100 U/mLを超える異常高値となることがあり、臨床所見などもふまえて総合的に判読します。

消化器系以外では肺癌や卵巣癌、子宮体部癌で陽性となり、子宮内膜症や卵巣嚢腫などの良性婦人科疾患、気管支炎、気管支嚢胞、肺結核などの良性呼吸器疾患でも上昇します。また、10〜20代の女性や妊婦、糖尿病でも軽度上昇することがあります。

さらに、慢性胃炎治療薬の「スクラルファート」を内服している患者や溶連菌感染症で一過性の異常高値を示すことが知られています。

ところで、ＣＡ１９−９は血液型抗原の１種であるルイスＡにシアル酸が付加した糖鎖抗原であるため、日本人の約10％に存在するルイス式血液型陰性者では癌化によっても上昇しない偽陰性を示します。